滁州市疾病预防控制中心为副县级全额拨款事业单位，编制100人，现有在编人员93人。内设办公室、财务科、综合科、急信科、地寄科、慢病科、宣教科、公卫科、环消科、计免科、结防科、性艾科、应急办、检验科、质管科。

　　 市疾控中心主要承担对全市39种法定传染病的监测管理和突发公共卫生事件的应急处置；负责地方病及寄生虫病防制工作；负责十一项基本公共卫生服务项目中的七项防病相关工作的技术人员培训、督导及业务指导工作；负责食品安全风险和生活饮用水等健康危险因素的监测和检测工作；负责鼠、蟑、蝇、蚊等病媒生物的监测和防制等工作。

　　 市疾控中心连续多年荣获市效能建设优秀单位和市级文明单位标兵称号。2012年8月，市疾控中心党总支被卫生部党组表彰为“全国医药卫生系统创先争优先进集体”；2013年被国家卫计委表彰为H7N9禽流感防治表现突出单位。